Calienta una sartén grande de hierro fundido a fuego medio-alto. Coloca los tomates enteros, las cebollas (con el lado cortado hacia abajo) y el ajo en la sartén seca en una sola capa. Cocina, volteando ocasionalmente, hasta que estén chamuscados por todos lados, aproximadamente 6 minutos para el ajo y 12 minutos para las cebollas y los tomates.

Transfiere los vegetales chamuscados a una licuadora y agrega los chiles chipotle. Procesa hasta obtener una mezcla suave, aproximadamente 1 minuto.

Mezcla la sal, el pimentón, el comino y la pimienta negra en un tazón pequeño. Sazona la carne uniformemente con la mezcla de sal.

Calienta el aceite en una olla holandesa a fuego medio-alto. Agrega la carne en lotes y cocina, volteando ocasionalmente, hasta que esté dorada por todos lados, aproximadamente 3 minutos por lado. Transfiere la carne dorada a un plato.

Vierte agua en la olla holandesa y raspa cualquier resto dorado del fondo. Incorpora la mezcla de cebolla y tomate, el azúcar morena, el orégano y las hojas de laurel. Reduce el calor a medio-bajo y lleva a ebullición suave.

Coloca nuevamente la carne en la olla, tapa y cocina, revolviendo ocasionalmente, hasta que la carne esté tierna y se desmenuce fácilmente con un tenedor, de 1 hora y 45 minutos a 2 horas y 15 minutos. Retira las hojas de laurel y deséchalas.

Retira la carne de la olla, desmenúzala con dos tenedores. Devuelve la carne desmenuzada a la olla, incorpora el jugo de lima.