Préchauffez le four à 350 °F (175 °C). Graissez un moule à muffins de 12 tasses ou recouvrez-le de caissettes en papier. Placez les raisins secs dans une tasse et ajoutez suffisamment d'eau chaude pour les couvrir. Laissez reposer quelques minutes pour les réhydrater.

Dans un grand bol, mélangez la farine de blé entier, le sucre brun, les épices pour tarte à la citrouille, la levure chimique, le bicarbonate de soude et le sel. Creusez un puits au centre; mettez les œufs, la purée de citrouille, l'huile et le miel dans le puits. Mélangez juste jusqu'à ce que les ingrédients secs soient absorbés.

Égouttez l'eau excédentaire des raisins. Incorporez les raisins et les noix de pécan dans la pâte, puis versez la pâte dans les moules à muffins préparés, en remplissant chaque moule aux deux tiers.