ओवन को 350 डिग्री F (175 डिग्री C) पर पहले से गरम करें। एक गहरे बेकिंग डिश को एल्यूमीनियम फॉइल से ढक दें।

एक सॉस पैन में क्विनोआ और पानी को मिलाएं; उबाल लाएं। ढककर धीमी आँच पर पकाएं जब तक कि क्विनोआ नरम न हो जाए और पानी सोख न ले, लगभग 15 मिनट।

एक बड़े फ्राइंग पैन में जैतून का तेल गरम करें; मध्यम आँच पर प्याज और लहसुन को पकाएं जब तक कि सुगंधित और थोड़ा पारदर्शी न हो जाए, 5 से 7 मिनट।

जुकिनी, बैंगन और टमाटर डालें; थोड़ा नरम होने तक पकाएं, 3 से 5 मिनट। सब्जियों के मिश्रण में टमाटर सॉस मिलाएं; ढककर और 10 मिनट तक धीमी आँच पर पकाएं जब तक कि सब्जियाँ नरम न हो जाएं।

सब्जियों के मिश्रण में क्विनोआ मिलाएं। नमक और काली मिर्च से स्वाद दें। शिमला मिर्च को क्विनोआ-सब्जी के मिश्रण से भरें। तैयार बेकिंग डिश में मिर्चें रखें। डिश को एल्यूमीनियम फॉइल से ढक दें।

पहले से गरम किए ओवन में तब तक बेक करें जब तक कि शिमला मिर्च थोड़ी नरम न हो जाए, लगभग 18 मिनट।