Scalda una grande padella di ghisa a fuoco medio-alto. Disponi i pomodori interi, le cipolle (con il lato tagliato verso il basso) e l'aglio nella padella asciutta in un unico strato. Cuoci, girando occasionalmente, fino a quando non sono carbonizzati su tutti i lati, circa 6 minuti per l'aglio e 12 minuti per le cipolle e i pomodori.

Trasferisci le verdure carbonizzate in un frullatore e aggiungi i peperoncini chipotle. Frulla fino a ottenere una consistenza liscia, circa 1 minuto.

Mescola insieme il sale, la polvere di chili, il cumino e il pepe nero in una piccola ciotola. Condisci uniformemente la carne con il composto di sale.

Scalda l'olio in una pentola di coccio a fuoco medio-alto. Aggiungi la carne a lotti e cuoci, girando occasionalmente, fino a quando non è dorata su tutti i lati, circa 3 minuti per lato. Trasferisci la carne dorata su un piatto.

Versa l'acqua nella pentola di coccio e raschia eventuali pezzi bruciacchiati dal fondo. Incorpora il composto di cipolle e pomodori, lo zucchero di canna, l'origano e le foglie di alloro. Riduci il fuoco a medio-basso e porta a ebollizione.

Rimetti delicatamente la carne nella pentola, copri e cuoci, mescolando occasionalmente, fino a quando la carne è tenera e si sfalda facilmente con una forchetta, da 1 ora e 45 minuti a 2 ore e 15 minuti. Rimuovi le foglie di alloro e scartale.

Rimuovi la carne dalla pentola, sfilacciala usando due forchette. Rimetti la carne sfilacciata nella pentola, incorpora il succo di lime.