Scalda 2 cucchiai di olio in una padella a fuoco medio-basso. Cuoci i peperoncini pasilla fino a quando non diventano leggermente dorati, facendo attenzione a non bruciarli, da 1 a 2 minuti. Trasferisci i peperoncini su un piatto. Aumenta il fuoco sotto la padella a medio-alto; cuoci le tortillas nello stesso olio fino a renderle croccanti e dorate, circa 3 minuti. Rimuovi dalla padella.

Pulisci la padella e rimettila sul fuoco medio-alto. Aggiungi il pomodoro e i peperoncini serrano. Arrostiscili nella padella asciutta, girandoli occasionalmente, fino a quando la buccia non si carbonizza e la polpa diventa morbida, da 8 a 12 minuti. Lascia raffreddare brevemente. Sbuccia i pomodori e mettili in un frullatore insieme ai peperoncini serrano. Aggiungi l'acqua e frulla fino a ottenere una consistenza liscia.

Scalda il restante cucchiaio di olio in una pentola a fuoco medio. Aggiungi la cipolla; cuoci e mescola fino a quando non diventa traslucida, circa 5 minuti. Versa il composto di pomodoro; cuoci fino a quando non si addensa, circa 5 minuti.

Versa i fagioli nel frullatore; frulla fino a ottenere una consistenza liscia. Aggiungi alla pentola con il composto di pomodoro. Aggiungi l'origano e condisci con sale. Porta la zuppa a ebollizione fino a quando i fagioli non sono ben caldi, circa 5 minuti.