Pré-aqueça o forno a 375°F (180°C). Forre 4 assadeiras com papel manteiga.

Misture a farinha, o amido de milho, o bicarbonato e o sal em uma tigela.

Combine a manteiga, o açúcar mascavo e o açúcar branco em uma segunda tigela.

Bata a mistura de manteiga e açúcar com uma batedeira elétrica em velocidade alta até ficar leve e fofa (cerca de 5 minutos). Use uma espátula de borracha para raspar as laterais da tigela.

Adicione 1 ovo e bata até ficar bem combinado. Adicione o segundo ovo e o extrato de baunilha. Bata até ficar bem combinado.

Adicione os ingredientes secos à mistura úmida. Mexa com uma espátula de borracha até que esteja levemente incorporado e ainda seja visível farinha.

Incorpore as gotas de chocolate e 1 1/2 xícaras de pretzels. Misture até incorporar.

Divida a massa em porções de colheradas arredondadas sobre as assadeiras preparadas. Pressione levemente a 1/2 xícara restante de pretzels nas partes superiores dos cookies.

Asse os cookies em lotes até que as bordas estejam levemente douradas, 10-12 minutos por lote.